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4月1日至24日，中国共产党第九次会议代表大会在北京举行。出席大会的代表1512人，代表党员约2200万人。林彪作政治报告，以“无产阶级专政下继续革命的理论”分析“文化大革命”的准备和实施过程。极力鼓吹“文化大革命”的所谓“丰功伟绩”。这个报告用歪曲事实的叙述，把“文化大革命”的发生，说成是“社会主义社会中的两个阶级、两条道路、两条路线长期尖锐斗争的必然结果。”它第一次把在社会主义阶段的任何时候、任何情况下都要以阶级斗争为中心的错误指导思想，正式规定为“我党的整个社会主义历史阶段的基本路线”。大会通过的党章，对党的理论基础马克思列宁主义、毛泽东思想进行了歪曲的解释，砍掉了党员的权利，还把林彪作为“毛泽东同志的亲密战友和接班人”写入总纲。九大选出中央委员和候补中央委员279人，其中原八届中委和候补中委只有53人，不到九届中委总数的五分之一。林彪、江青一伙的主要成员进入了中央政治局，不少亲信和追随者进入党的中央委员会，他们一伙从而掌握了更多的权力，但他们还不可能把他们所反对的人全部从中央排除出去。九大通过的政治报告和党章，使“文化大革命”的错误理论和错误实践合法化，加强了林彪、江青集团在党中央的地位。九大在思想上、政治上和组织上的指导方针都是完全错误的。

4月28日，中国共产党九届一中全会在北京举行。毛泽东在会上说：“社会主义革命还要继续。这个革命，还有些事没有做完，现在还要继续做，比如讲斗、批、改。过若干年，也许又要进行革命。”九大后，“文化大革命”即进入“斗、批、改”阶段。全会选举了中央机构。选举的结果是：中央委员会主席毛泽东，副主席林彪；中央政治局常务委员会委员毛泽东、林彪，(以下按姓氏笔划为序)陈伯达、周恩来、康生。中央政治局委员毛泽东、林彪、(以下按姓氏笔划为序)叶群、叶剑英、刘伯承、江青、朱德、许世友、陈伯达、陈锡联、李先念、李作鹏、吴法宪、张春桥、邱会作、周恩来、姚文元、康生、黄永胜、董必武、谢富治；中央政治局候补委员纪登奎、李雪峰、李德生、汪东兴。

6月间，黄永胜、吴法宪、叶群、李作鹏，邱会作等人主持的军委办事组召开座谈会。这次座谈会按照林彪提出的“用打仗的观点，观察一切，检查一切，落实一切”的要求，提出了庞大的国防建设计划。邱会作等人先后提出，要搞“独立的完整的国防工业体系”，“要比洋人还要洋”。并声称“什么比例不比例，打仗就是比例”。由于他们盲目扩大军工生产，1969年的国防战略费比上年猛增34%，1970年、1971年又继续递增15%和16%还多。1969年到1971年这三年，国防工业和国防科研投资在国家基本建设投资中占的比重平均高达11%，超过1968年不到9%的比重，严重影响了国民经济的正常发展。

8月27日，中央决定成立全国性的人民防空领导小组和各省、市、自治区人民防空领导小组，以加强人民防空工作。在各级防空领导小组的指导下，普遍开展了群众性的挖防空洞和防空壕的活动。

10月17日，林彪指使吴法宪任命其子林立果为空军司令部办公室副主任兼作战部副部长。次日，吴法宪把空军的指挥大权，私自交给了林立果。

同时，根据毛泽东关于国际形势有可能突然恶化的估计，林彪作出“关于加强战备，防止敌人突然袭击的紧急指示”，要求全军进入紧急战备状态，抓紧武器的生产，指挥班子进入战时指挥位置等。18日，黄永胜等以“林副主席第一个号令”正式下达这个“紧急指示”，引了各方面的极大震动。

10月26日， 中共中央发出《关于高等院校下放问题的通知》。《通知》说：为了“认真搞好斗、批、改，加强对中央各部门所属高等院校的无产阶级文化大革命和教育革命的领导”，决定国务院各部门所属的高等院校，凡设在外地或迁往外地的，交由当地省、市、自治区领导；与厂矿结合办校的，交由厂矿领导。教育部所属的高等院校，全部交给所在省、市、自治区领导。此后，中央所属的高等院校，包括北京大学、清华大学在内，全部下放地方管理。部分高等院校被撤销或合并。到1971年，全国原有的434所高等院校。保留继续办的还有328所。

11月12日，原中共中央副主席、中华人民共和国主席刘少奇由于遭受政治陷害和人身摧残，在河南开封含冤去世。