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医疗卫生资源配置不够合理；医药费用增长过快，居民个人负担比重增加；医疗保障制度不健全，保障水平低；政府投入严重不足，医疗机构公益性弱化；公共卫生任务艰巨，挑战多。

张茅指出，同时，我国深化医药卫生体制改革也具备良好的基础条件：党中央、国务院高度重视，奠定了坚实的领导基础；群众对改善医疗卫生服务提出了更高的要求，全社会对深化医药卫生体制改革十分关心；科学发展观为深化医药卫生体制改革奠定了坚实的思想基础；改革开放30年来，我国经济持续快速发展，财政收入稳定大幅增长，为深化医药卫生体制改革奠定了经济基础。

他强调，当前，深化医药卫生体制改革的大政方针已定，改革的基本思路和政策已经明确，需要各地继续发挥积极性、主动性和创造性，为医改建言献策。