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司徒雷登1876年出生于中国杭州的一个美国基督教家庭。父亲是美国南方长老会的传教士，1868年被派往杭州传教。母亲1874年来华，在杭州创办了中国第二所女子学校（第一所在北京），并自任校长多年。司徒雷登是四个孩子中的老大。

当时杭州没有外国学校，司徒兄弟的启蒙教育，全由妈妈担当。他们常同中国小朋友一起玩，大家都说中国话。中国的各种风俗庆典，都为他们耳闻目睹，且参与其中。司徒雷登喜欢杭州的风景和中国饭菜，能说杭州方言，在他幼小的心里不可避免地种下了“中国根”。

司徒雷登11岁时回到美国读书，20岁大学毕业，拿到了文学学士学位，以后又学了3年拉丁文和希腊文，还进入神学院学习。1904年11月，与爱玲?鲁德女士结婚，当年年底同妻子一起来到杭州。至此，司徒雷登阔别中国已整整17年。他先在父亲的教会里工作，常常下乡布道，与当地老百姓有着十分密切的往来。1908年他迁居南京，任教南京金陵神学院12年，主讲新约和希腊文，有多项论著问世。辛亥革命后孙中山就任中华民国临时大总统，司徒雷登为唯一参加开国大典的外国人。

1918年，北京有两所教会大学决定合并：一所是汇文大学，一所是协-和大学。这两所私立大学在1900年的义和团事件后试图合并，却因内在矛盾太多，多次协商未果。直到1918年才达成妥协，决定选聘一位与原来两校都没有关系的人担任校长。此时司徒雷登在南京神学院执教多年，成绩卓著，是美国教会公认的深切了解中国、在华传教人士中对中国青年最有影响力、才华与素养出众、思想开朗的人物，再加上他出生在中国，中、英文运用自如，理所当然地成为新校长的最佳人选，但几乎所有朋友都劝他婉拒，不必去收拾烂摊子。他最终勇敢地接受了这个挑战。1919年元月，司徒雷登北上，会见即将合并的两校有关人士，经-多方斡旋，成立了由蔡元培等五人组成的校名委员会，最后采纳了诚静怡博士的建议，以“燕京大学”为校名，同时也解决了其他矛盾。司徒雷登正式出任燕京大学第一任校长。

1919年6月8日，司徒雷登到校参加这一年原-有学生的毕业典礼，同时也算自己的就职典礼——和学生第一次正式见面，却遇到了十分尴尬的场面，台下冷冷清清，只有极少数毕业生到场。原来这时还处于五四运动的高潮，前后共有1000多名学生被捕，包括不少燕京大学的。这天，恰逢政府释放日，燕京大学的学生都去欢迎同学光荣出狱了，谁还在乎毕业典礼和新任校长的就职典礼？但司徒雷登对此并未介意，相反，他事后在给美国托事部（可以说是燕京大学的上级部门）的信中说：“我亲眼目睹南京、天津、北京三地的学生示威，他们态度热诚，而且有组织，有纪律，百姓为之动容……此时此刻正是中国生死存亡的关头，燕京大学何幸生逢如此意义深远的报国时机。”此后他一贯支持燕京学子们的抗日爱国行动，使燕京大学同北京其他大学一样，不但为中国培养着建设人才，也培养着爱国人才。