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三港，即外高桥港、洋山港、浦东空港；三区，即外高桥保税区、洋山保税港区、浦东机场综合保税区。
2009年11月18日，上海综合保税区管委会正式揭牌成立，统一管理洋山保税港区、外高桥保税区（含外高桥保税物流园区）、浦东机场综合保税区的行政事务，“三区”总规划面积21.73平方公里，已封关面积18.64平方公里。
上海综合保税区总的定位是：上海建设国际航运中心的核心区域、国际贸易中心的重要载体、国际金融中心的重要突破点。
上海市委、市政府决定成立上海综合保税区管委会，就是要进一步理顺三区联动发展的体制机制，通过统一管理、政策聚焦，实现资源和功能的联合、互补，发挥更大的集聚辐射效应，使综合保税区成为加快建设“四个中心”的重要平台和推手。
三港三区联动，离不开海关系统的强力支持。上海海关加工贸易监管处处长张葛德介绍，今年海关总署的加工贸易工作要点中，把支持上海国际航运中心和国际金融中心的建设、推动产业转型升级作为工作重点之一。上海海关专门成立了由关长任组长的“上海海关支持‘三区三港’联动发展领导小组”，和由副关长为组长的“上海海关支持‘三区三港’联动发展工作组”。
三港三区联动是一个突破和创新。张葛德举了这样一个例子。加工贸易成品内销已成为扩大内需的一个重要组成部分，特殊区域内企业也有迫切的内销需求，但内销之路障碍重重，例如区内企业没有分销权，不能开具增值税发票、缴纳增值税并以人民币结算，与区外企业进行贸易必须通过贸易代理。上海海关提请海关总署会同相关部委进行研究，并建议考虑试点，争取早日取消这些限制。
浦东新区改革与发展研究院顾问姚锡棠指出，要解决贸易便利化的问题，海关是一个重要方面。贸易便利化程度达不到相应水平，影响了中国的经济效率，其中很大部分反映在物流环节。去年全国物流总额达96.6万亿元，但物流业增加值占GDP的比重仅为6.7%。海关应更好地把握监管和便利的平衡，使贸易效率和效益都大幅度提高。
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