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复旦章程旨在“分权”
复旦有一项重大的改革就是学校领导和部处负责人退出复旦大学学术委员会、复旦大学教学指导委员会，形成了行政权力和学术权力的有效隔离，并设计了专门的会议制度和“召见-问责”制度。校学术委员会和教学指导委员会可以就他们认为重要的问题，单独召开会议，形成独立决议。这些意见将是学校领导执行学术决策的依据，还可以召见校领导，进行问询，甚至是问责。
复旦大学是教育部大学内部结构治理的试点高校，依法治校、民主办学成为复旦的新探索，“校长的权力不能无边。”杨玉良斩钉截铁地表示，复旦正在制定《复旦大学章程》，相当于复旦“宪章”，以限制校长和其他行政管理者的权力。
在杨玉良看来，权力属于一个群体，“如果有教授跟我讲某某学科很重要，我作为校长就大笔一挥批复500万元，这是很危险的，大学的‘宪章’就是大学的法律。作为一个管理者，把所有重要的权力揽到自己手里，会让规章制度不健全，而应该重大决策集体讨论决定。”
他以耶鲁大学为例，在做重大决策时，耶鲁惯常的做法是组成相关的教授委员会，进行充分彻底的协商讨论，因而在行动上往往显得踌躇不前。从效率的角度看，耶鲁在反应上、行动上似乎是迟缓的，但它的决策又必然是经过深思熟虑的，行动必然是审慎和稳健的。耶鲁、哈佛、剑桥、牛津等名校，都不是赶时髦，人们可以说他们进步不快，但“其进步总是有选择和基本正确的”。
复旦大学“立宪”限制校长权力
从2009年1月14日正式担任复旦大学校长，还有半个月的时间，就是杨玉良院士履新两周年。
昨晚，在和媒体共聚一堂时，这位自称为“不可救药的理想主义者”分享了他所理解的中国教育、复旦精神以及治校的独特理念。
据介绍，复旦正在制定《复旦大学章程》，相当于复旦“宪章”，以限制校长和其他行政管理者的权力。杨玉良表示：“校长的权力不能无边。”
将设立本科生院
杨玉良透露，复旦在通识教育方面也将有大胆的试验，将成立本科生院，并把教务处、招生处、学生处以及书院等部门合并进行统一管理，以保证学校资源的合理配置，同时设立本科生培养委员会，让有很高道德修养的导师进入书院辅导学生。
为了让学生的学习硬件条件得到改善，继前段时间传出交大将装1.1万台空调的消息后，杨玉良昨表示，复旦也会有行动，宿舍不仅装空调，还要装淋浴设施，“今年暑假天气很热的时候，曾经有学生发帖抱怨宿舍太热，并说要把杨玉良校长绑架到宿舍去，看他能活几天。”杨玉良的话引起哄堂大笑，杨玉良表示，上海冬天冷夏天热，安装了空调和淋浴设施后，让学生们都能安心学习，目前这些都在规划中，并将会举行听证。
校长称理想要照进现实
“我是一个不可救药的理想主义者，但同时又是一个现实主义者，无论是大学还是媒体，我们都需要理想的灯塔照亮现实的道路。”58岁的杨玉良如是说。
杨玉良说：“大学没有了学术就失去了存在的价值，没有了魂的大学就成了野鬼。学术自由，就是要追求真理，我们的校歌里就这样唱‘学术独立，思想自由，政罗教网无羁绊，无羁绊，前程远’，复旦培养的学生，应该不畏权贵，只会向真理低头，彼岸的理想主义相当于此岸的灯塔。”
谈及治校理念，杨玉良总结了十六字治校方针“学术为魂，育人为本，依法治校，民主决策”。
杨玉良的治校哲学受到广泛认同，其十六字治校方针在微博上发布后，引发围观，复旦学生尤其对于“宿舍不仅要装空调，还要装淋浴设施的利好消息大加赞赏，连称‘校长很贴心，行动很给力’。”
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