青藏铁路公司实行24小时值班制度，并制定相应的防控预案，将疫情报告、应急处理等都纳入预案管理。加强旅客列车防控工作，特别关注来自疫情发生地旅客的健康情况。
铁路部门加强了列车工作人员培训，结合新制定的甲型H1N1流感应急处理预案要求，提高防控水平。并建立防控储备品购置渠道，加强消毒、防护、测温、诊治药品器械的配置工作，充分发挥地方卫生资源储备库作用，建立好采购渠道。一旦发生疫情，确保防病物资及时补充到位。落实路地联防联控工作，注意协调(疑似)病人下交地点和接收医院工作，完善交接制度。
省交通厅要求各级交通部门、相关运输企业按照《突发公共卫生事件交通应急规定》有关规定和要求，制定相关应急预案，与卫生防疫等有关部门密切配合，做好预防预控工作。做好防疫紧急物资和人员的运输保障工作，一旦发生疫情，做到运力充足，保证防疫物资和人员及时、快速运输。对相关交通工具实施强制消毒，加强汽车客运站、客运码头等场站内部的清洁、消毒和通风，有效预防各类疾病的发生和传播。畅通信息报送渠道，及时掌握疫情防控工作情况。
