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我国政府高度重视转基因农作物生物安全管理工作。1996年，农业部发布了《农业生物基因工程安全管理实施办法》。2001年，国务院颁布了《农业转基因生物安全管理条例》(以下简称《条例》)，对在中国境内从事的农业转基因生物研究、试验、生产、加工、经营和进出口等活动进行全过程安全管理。《条例》颁布实施后，农业部和国家质检总局先后制定了5个配套规章，发布了转基因生物标识目录，建立了研究、试验、生产、加工、经营、进口许可审批和标识管理制度，形成了一套适合我国国情并与国际惯例相衔接的法律法规、技术规程和管理体系。
转基因作物安全性的评价过程
《条例》及配套规章规定，我国对农业转基因生物实行分级分阶段安全评价制度，农业转基因生物安全委员会负责农业转基因生物安全评价工作。安全评价按照实验研究、中间试验、环境释放、生产性试验和申请领取安全证书五个阶段进行。美国和欧盟一般分为实验研究、环境释放和解除监管(商业化应用)三个阶段，并且不同于国外仅评价转化体，我国既评价转化体也评价衍生品种。
安全性评价内容主要包括食品安全性和环境安全性二部分。食品安全性评价涉及营养学、毒理学和过敏性等。环境安全性评价包括转基因生物的生存竞争能力、基因漂移的生态风险、对非靶标生物和生物多样性的影响，以及靶标生物的抗性风险与治理等。
2009年8月，经安委会安全评价和农业部批准发放生产应用安全证书的“华恢1号”和“Bt汕优63”，于1999～2000年开展了中间试验、2001～2002年开展了环境释放，2003～2004年开展了生产性试验。2004～2005年，农业部转基因生物安全检测机构对“华恢1号”和“Bt汕优63”的目标性状进行了检测验证;2007～2008年又对其分子特征、环境安全和食用安全的部分指标进行了检测验证。可以说，对转基因水稻的评价指标和过程是世界上转基因作物评价最严格、最慎重的案例。
根据《条例》、《中华人民共和国种子法》及《主要农作物品种审定办法》等法律法规的规定，转基因农作物获得安全证书后，还要进行区域试验、生产试验和品种审定，在获得种子生产许可证和经营许可证后，方可进入商业化生产。
转基因作物商业化种植环境影响的监测
为保证转基因作物的长期安全应用，已获得安全证书的转基因水稻“华恢1号”和“Bt汕优63”如果进入商业化生产，还将组织开展田间主要害虫种群动态、生物多样性变化和靶标害虫抗性的监测工作。田间主要害虫种群动态监测,主要是观测转基因水稻杀虫作用对农业生态系统食物链的影响是否会导致次要的非靶标害虫演化为重要的害虫，从而制定与转基因品种相适应的耕作制度配套措施，保障转基因抗虫水稻的有效应用;对生物多样性影响的监测，主要是调查转基因抗虫水稻长期应用后，稻田农业生态系统节肢动物多样性的变化，从而制定稻田害虫的综合防治措施;转基因抗虫水稻所产生杀虫蛋白对害虫的选择压力可导致靶标害虫产生抗性，从而缩短抗虫水稻的使用寿命。因此，在其商业化过程中需要监测靶标害虫对转基因水稻抗性，并采用适当的策略和措施防止或延缓抗性的形成和发展。
转基因作物产品的标识管理
根据《条例》及《农业转基因生物标识管理办法》的规定，为保障消费者的知情权和选择权，我国对转基因生物实行标识目录内的标识制度。标识目录随转基因作物商业化应用种类的变化而调整。标识目录的修订，由农业部商有关部门确定。
目前，世界各国关于转基因产品标识管理的法规、政策存在很大的差异。我国批准转基因水稻商业化生产应用后，将存在转基因稻米和非转基因稻米共存的状况。为有效实施标识管理，建议采取以下措施：一是加强转基因水稻商业化生产应用后的标识管理的研究，制订转基因水稻标识目录;二是加强转基因生物标识管理技术支撑体系和行政监管能力建设，加大执法监管力度;三是加强国内生产单位和出口企业的监管，加强出口产品的检测，确保产品符合法规要求和进口国要求，维护正常贸易秩序。
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