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《意见》明确，与基本农田相关的国土、农林、发改等部门要共同做好基本农田保护工作。其中，国土部门要建立基本农田保护图、表、册等档案，做好基本农田调整、补划工作；农林部门要做好基本农田的质量监测，定期提供监测报告；发改部门在项目立项时，要避免占用基本农田；财政部门要对基本农田保护和建设提供资金保障；建设部门在开展城镇建设时，不得占用基本农田；规划部门在制订城镇规划时，要做好和土地利用总体规划的衔接，办理项目选址时，要避开基本农田；环保部门要做好基本农田环境污染监测、评价工作。

《意见》强调，严禁擅自通过土地利用总体规划的修改或调整，改变基本农田位置或减少基本农田面积。任何单位和个人不得在基本农田保护区内非法建设、植树造林、挖塘养鱼、建设绿化隔离带和建设畜禽养殖建筑物，不得闲置、荒芜基本农田。在基本农田保护区内，一律不安排新建非农建设项目，现有各类非农建筑物、构筑物也不得进行改建或扩建，建筑物、构筑物废弃拆除的，其土地要及时复垦为耕地。