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2009年，水科院坚持产业导向，围绕“转变渔业发展方式，加快现代渔业建设”这一主题开展科技自主创新，在种质资源开发、水生生物资源养护、现代养殖模式构建、病害防治等重点研究领域又取得了新的进展，有力的促进了渔业产业素质提升和产业结构优化升级。为进一步展示水科院2009年最具代表性的科研进展，增进学术交流，水科院从各主要领域中凝练出10大科研进展亮点。
1.“鲤鱼基因组计划”的启动实施加快了我国水产动物基因资源的开发和利用
在农业部行业专项“水产分子育种共性技术的建立与应用”和科技部863项目“品质优良的转基因鲤与转基因唐鱼的品种培育”的支持下，水科院启动了“鲤鱼基因组计划”。该计划是我国启动的第一个鱼类全基因组计划，也是世界上第一个鲤科经济鱼类基因组计划，该计划的启动对我国的水产科技工作具有开创性，对水科院而言是具有标志性的工作，鲤鱼基因组测序及后一步的深入挖掘工作的实施和完成，在加快我国水产生物的良种产业化的速度的同时，将对我国乃至世界水产业的发展产生重要的影响。
2.完成了澜沧江、金沙江和新疆塔里木河水系水生生物及生态环境调查工作
水科院长江所、黑龙江所专家对我国西南地区的澜沧江、金沙江和西北地区新疆塔里木河水系等多条水生生物资源极为丰富的河流，进行了包括渔业资源调查、水生生态环境监测、濒危水生动物增殖放流等系列研究。初步摸清了我国内陆水域水生生物及其生态环境的现状，完成了部分水域的水生生物物种资源编目，水生生物物种资源评价与保护名录，水生植物、底栖动物资源评估，编制了水生生物图册(包括鱼类、水生植物及底栖动物);综合分析了重要水域水生生物物种的濒危机制，提出了水生生物物种资源保护对策;基本理顺了水生生态监测体系，渔业资源环境监测野外实验室建设取得显著进展，实验条件和设施得到了进一步的完善和更新。
3.池塘生态工程化和工厂化养殖水体净化研究进入示范应用阶段
水科院渔机所积极开展池塘养殖减排技术和海水工厂化养殖节水技术研究与示范。对南方地区大宗淡水鱼类养殖，开展池塘生态工程化构建技术研究，实现了节水减排目的，为我国池塘养殖节水减排做出了贡献。对鲆鲽养殖，重点开展加强回用水物理过滤技术研究，减少养殖用水消耗，实现养殖水体增氧、推流集污和去除可溶性有机物及微小悬浮颗粒等多重目的，减少换水量近一半。对虾养殖中，开展菌藻联合净化循环水养殖系统研究，形成对虾工厂化养殖模式，并在天津和青岛建成试验系统，平均单产达4.6公斤/平方米。
4.统一提出全国范围的草鱼出血病病毒和致病性嗜水气单胞菌的标准检测方法
水科院珠江所联合各参加单位，针对草鱼出血病病毒在流行传播过程中出现高度变异，嗜水气单胞菌血清型复杂、国内没有标准血清、无法使用血清学方法进行分型等给检测和疫苗应用造成很大难度的问题，首次在全国范围内统一了草鱼出血病病毒和致病性嗜水气单胞菌的检测方法。填补了国内这两大主要淡水鱼类出血病致病原的分离、鉴定及分型缺乏标准方法的空白。项目参加单位对我国华南、华东、华中及华北主养区草鱼出血病和鲢鳙鲫鱼暴发性出血病进行了流行病学调查，系统比较了我国不同主养区域草鱼出血病和鲢鳙鲫鱼暴发性出血病的流行情况及发病规律，制订了《致病性嗜水气单胞菌的检测与分型》、《草鱼出血病病毒分离及鉴定》检测标准，并对项目组分离到的病原进行了分型鉴定。
5.建立了水产品质量安全可追溯技术体系并进入实际运行
水科院质标中心通过研究和借鉴国内外产品可追溯体系的构架和核心内容，结合行业主管部门监管需求和水产行业实际情况，提出了适合我国国情的水产养殖品可追溯体系基本构架。集成应用现代农业信息技术，在水产品可追溯条码信息采集技术、编码技术、条码生成打印技术等方面取得突破，设计开发了水产品可追溯专用标签标识，建立了相应的技术标准体系;开发完成了包括养殖、加工生产管理系统、市场交易管理系统、政府监管系统和消费者查询系统的水产品质量安全管理与追溯系统，从而建立了适合我国国情的水产品可追溯体系并在广东省进行试点，广泛开展项目成果的示范应用。
6.生态增殖评估和海域生态调控技术提高了人工鱼礁增殖效果
通过一系列项目的实施，水科院南海所专家全面摸清了人工鱼礁对浅海生态系统结构和功能调控机理，系统集成构建了基于视频、声学、遥感等评估技术和生态系统社会服务功能及价值、经济学模型与生态系统模型等评估技术为主的人工鱼礁增殖效果综合评价技术体系;建立了基于人工生态调控+增殖放流+浮式人工鱼礁+底层人工鱼礁+渔业管理+技术引导等手段的人工鱼礁生态调控新模式。示范礁区调控总面积420公顷，生态系统得到明显改善，游泳生物资源密度比投礁前增加了12倍;推广示范礁区面积440公顷、7.45万空方，资源密度平均比投礁前增加了6倍。
7.渔业生态学研究为近海生态系统食物产出的可持续利用提供了理论基础
水科院黄海所对黄海鱼类群落功能群进行了划分，研究了不同功能群生物营养级及其变化，黄海冷水团、黄海近岸水域和黄海南部水域3个生态区的生物资源功能多样性及其动态特征;研究和探讨了功能群多样性特征和食物生产对饵料营养质量变化的响应，以及典型生态区资源功能群多样性和食物生产对饵料营养质量变化的响应特征;开展了稳定同位素、生物量谱在食物网营养动力学研究中的应用和应用鱼鳞沉积信息反演鱼类种群长期变化等新技术、新方法的研究;建立了不同年际间的黄海中南部海域营养通道模型，比较分析了渔业生态系统结构及其营养相互作用以及渔业资源的变化，并在Ecopath模型基础上，初步构建了黄海中南部海域Ecosim动态模型;建立了桑沟湾多元养殖生态模型，完成了桑沟湾生态系统服务功能、生态功能的评价，完成了南沙港网箱养殖水域环境质量评价并提出生物修复策略。
8.大洋遥感渔场渔情信息获取、传输和分析技术达到应用水平
水科院东海所研究团队的服务渔场与捕捞对象扩展到我国七大远洋捕捞渔场。以我国三大捕捞种类的七大远洋渔场为研究对象，通过我国海洋1号卫星回放数据接收、建立基于渔船的船载卫星遥感接收站等，使我国大洋渔场环境监测及信息获取能力得到显著增强;研究建立了适合不同捕捞对象及海域的区域性的渔场分析预报模型，并投入实际应用;自主研究了渔场环境、捕捞生产等多源数据的特征信息提取算法、可视化分析方法等，达到了国际先进水平;渔场渔情信息服务由海表温度海况渔场图发展到海洋水色、海流在内的综合信息服务，实现了由单一要素向多要素综合信息服务发展;自主研发了我国大洋遥感渔场渔情信息服务系统，推广应用到40余家企业及行业管理部门等单位，实现了为我国远洋渔场捕捞作业渔船每周提供1次SST、叶绿素、海流环境及渔场预报信息的发布与服务。
9.深水网箱养殖自动投饵系统装备研制成功
水科院南海所主持研发的深水网箱养殖工程重要装备远程多路自动投饵系统通过现场验收，标志着我国深海设施养殖装备技术水平进入国际先进行列，具备了深海养殖工业化生产的能力。该技术装备融入了机电工程、环境技术、养殖技术、计算机技术等大量科技元素，突破了模拟控制、多路配送、空气动力等关键技术，改变了网箱养殖传统投喂模式，有效解决了离岸深海养殖集群管理、定点给饵、按需分配、远程输送的难题，为养殖数字化技术奠定了基础。自动投饵系统具备手动、自动、远程三种控制模式，程序控制投向12个目标，预留拓展到60个目标的功能，投饵输送距离达400米，投饵量达1200公斤/小时。样机成套装备系统造价仅为国外同类产品的40%。
10.刀鲚人工繁殖与美洲鲥全人工繁殖取得突破
水科院淡水中心基本科研业务费专项“刀鲚与美洲鲥人工繁殖基础研究”取得了人工繁殖关键技术的阶段性突破。通过开展刀鲚的人工繁殖技术研究，包括灌江纳苗、亲本培育、饵料筛选、性腺成熟环境条件、性腺发育观察、控制亲鱼应激反应和暂养的最适温度、胚胎及仔鱼发育全过程，突破了刀鲚人工繁殖的关键技术。在引进美洲鲥受精卵培育成后备亲鱼的基础上，通过水质调控、营养强化、添加专用激素和维生素等环节进行亲鱼催熟，利用充氧运输及水泥池暂养等措施，克服了美洲鲥的应激反应。2009年4-5月间人工催产、授精，观察了性腺发育及胚胎发育的全过程，成功获得受精卵4000粒，受精率20.7%，孵化率52.6%。该项目填补了国内该研究领域的空白，对这两种珍稀经济鱼类的养殖也具有重要意义。2009年，在该项目的支持下首次实施了刀鲚的人工放流，实现了对长江刀鲚渔业资源的恢复。
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