当前和今后一个时期我国土地整理工作的重点已经明确。为实现全国耕地保有量18亿亩的目标，将紧紧围绕耕地保护目标开展土地整理。依据土地利用总体规划和土地开发整理规划，对农村地区田、水、路、林、村进行综合整治。到2020年，力争全国完成农用地整理不少于6.5亿亩，新增加的有效耕地不少于2500万亩。这是6月19日王世元在第15期国土资源管理市长研究班上的讲话中透露的。
新时期还将紧紧围绕基本农田保护和建设开展土地整理。坚持以建设促保护，大力开展基本农田建设。土地整理专项资金主要用于高标准基本农田建设，并将小型农田水利建设作为重要内容。东部地区以建设高标准农田为主要任务；中部粮食主产区以保护和提高基本农田的粮食综合生产能力为主要目的；西部生态脆弱地区加大对平坝和缓坡耕地的整理力度，加大对坡改梯、淤坝地以及对出现沙化趋势耕地的建设和整治力度，加强基本口粮田建设。认真组织开展好全国116个基本农田保护示范区建设，为不同类型农业耕作区树立基本农田保护和建设的典范。
紧紧围绕发展现代农业和新农村建设开展土地整理。结合实施新农村建设规划，完善县、乡级土地整理规划，统筹安排、综合整治，着力提高农业综合生产能力，改善农民生产和生活条件；结合巩固农业基础地位，搞好农田基本设施建设，尤其是小型农田水利建设，增强排灌和防灾减灾能力；结合发展特色农业、现代农业，对项目进行科学设计，改善生态环境和农业生产条件，提高劳动生产率，为农业增效、农民增收奠定基础；结合建设农村美好家园，依照规划，搞好基础设施改造和建设，对村庄废弃地和腾退的宅基地合理开发利用，复垦还田，进行公益事业建设，美化居住环境，造福农民群众。
紧紧围绕重点地区和重大项目开展土地整理。土地整理的资金投入将继续向粮食主产区倾斜、向基本农田保护区倾斜、向土地整理重大工程项目倾斜。新增建设用地土地有偿使用费，主要按照各地的实际基本农田面积进行分配，并对粮食主产区加大分配的权重；集中资金组织实施好经国务院批准、在建设中求保护效果明显、补充耕地规模大的土地整理重点工程项目，如三峡库区“移土培肥工程”项目。同时，土地整理还要结合流域和水系，重点向沿路、沿江、沿线布局，设立永久性标志牌，接受社会监督。
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我国投入土地整理的资金量正稳步加大。2001年至2006年，国家累计投入中央分成的30%部分新增建设用地土地有偿使用费近300亿元。2006年中央部分征收167亿元，近期中央财政将安排使用。按照新的征收标准，今年预计不少于200亿元。土地出让纯收益的15%以上用于农业土地开发，又扩大了土地整理资金渠道。近期，如果土地收益征收到位，全国用于基本农田保护和建设、土地整理、耕地开发的总投入，每年将达1000亿元左右。
据了解，我国土地开发整理综合效益日益明显。1999年至2006年，全国共补充耕地面积3525万亩，同期补充的耕地大于建设占用的耕地面积，其中1270多万亩是通过土地整理补充的。“十五”期间，国家投资土地开发整理项目建设规模2400多万亩，新增耕地500多万亩，超过了同期全国灾毁耕地的面积。土地整理后，项目区农田生产能力普遍提高了10%到20%，生产成本降低了5%到15%，即使按10%计算，全国每年通过土地整理增加的粮食产能，就相当于增加400万亩耕地的产出。仅国家投资的土地整理项目，实施范围就惠及1200多万农民，新增耕地可以解决390多万人的长远生计。国家投资项目覆盖了49%的国家重点扶贫县，扶贫效果十分明显。
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